Kriminalomsorgen er organisert i tre nivåer: Kriminalomsorgsdirektoratet, fem regionadministrasjoner; de lokale fengsler og friomsorgskontor. I tillegg kommer Kriminalomsorgens høgskole og utdanningssenter KRUS. Justis- og beredskapsdepartementet er overordnet Kriminalomsorgsdirektoratet.
Det er fem regioner i kriminalomsorgen. Disse har ansvar for straffegjennomføringen innenfor regionens grenser og skal sikre helhetlig ressursutnyttelse og et godt samarbeid med andre regioner:
Fengslene og friomsorgskontorene har ansvaret for den daglige driften på lokalt nivå.
Kriminalomsorgsdirektoratet (KDI) har det øverste faglige og administrative ansvaret for kriminalomsorgen. Direktoratet ledes av direktør Lise Sannerud.
Kriminalomsorgens høgskole og utdanningssenter KRUS er et kompetansesenter for kriminalomsorgen i Norge. KRUS tilbyr en toårig høgskolekandidatutdanning i straffegjennomføring (fengselsbetjentutdanning). I tillegg driver KRUS forskning og formidlingsarbeid, og tilbyr etatsrettet utdanning for verksbetjenter, samt etter- og videreutdanning for tilsatte i kriminalomsorgen og hos samarbeidspartnere.
Direktør for KRUS er Kristina Vee Lægreid (fung).